Это является следствием использования библиотеки экстернализации TikZ в новой версии pgfSweave. pgfSweave добавит (среди прочего):
\usetikzlibrary{external}
\tikzexternalize[mode=list and make]
Это приводит к тому, что все ваших изображений TikZ (сгенерированных pgfSweave или нет) будут экстернализованы. pgfSweave достаточно умен, чтобы отключить экстернализацию для изображений, которые он генерирует, если вы не включили экстернализацию, но не можете ничего сделать с вашими собственными изображениями. В результате вам нужно запустить созданный make-файл, чтобы вы могли увидеть ваши фотографии.
Если вы уже используете экстернализацию, ваши собственные изображения TikZ должны быть выведены вместе со всеми вашими R-участками, и все должно быть в порядке. Информацию о том, как настроить имена и выходные каталоги, см. В разделе «Внешняя библиотека» руководства TikZ.
Если вы не используете экстернализацию (что я настоятельно рекомендую вам сделать), тогда у вас есть два варианта:
Выведите на экран ваши фотографии
make -f <main>.makefile
Или, если вы вообще не хотите использовать экстернализацию, вы можете отключить ее для определенной картинки
{\tikzexternaldisable
\begin{tikzpicture}
...
\end{tikzpicture}
}
Виньетка pgfSweave и руководство TikZ содержат гораздо больше информации, если вы заинтересованы.