java2wsdl -cp.-cn com.atlassian.jira.rpc.soap.JiraSoapServiceImpl Файлы расположены рядом с файлом bat.
Этот класс должен находиться в ./com/atlassian/jira/rpc/soap/JiraSoapServiceImpl.учебный класс.Является ли это, или, как вы сказали, это «рядом с файлом bat», т.е. ./JiraSoapServiceImpl.class?
И - только для случая - это должен быть * .class, а не * .java.
Кстати, у JIRA есть публичный WSDL, зачем вам что-то генерировать из класса Impl?