HttpWebRequest будет использовать собственное хранилище сертификатов Windows для проверки сертификатов, то есть то же самое, что и IE.Если ваш IE может правильно проверить сертификат, имея сертификат или путь CA обратно к доверенному корню, то HttpWebRequest должен принять сертификат в порядке.
В случае Java я подозреваю, что добавление сертификата сервера само по себе являетсянеправильно, если только он не подписан, в этом случае у вас не будет выбора.Вместо этого вы должны добавить путь к ЦС обратно в доверенный корень - вы, вероятно, можете извлечь эти сертификаты из хранилища ЦС Windows или загрузить их с веб-сайта корневого ЦС, если они вам нужны.