Один из параметров вашей командной строки гласит:
-classpath %SCALA_NET_DIRECTORY%\lib\hello-1.0.jar
Полагаю, вы хотите сначала скомпилировать hello-1.0 в виде DLL (не указав
-Xshow-class MyMainClass
вкомандной строки), а затем скомпилируйте
src\main\scala\my\world\App.scala
(как .exe, я полагаю) с hello-1.0.dll, который можно найти в одной из папок -Xassem-extdirs.
Советы и рекомендации по использованию Scala.Net на http://www.srtsolutions.com/tag/scala