В качестве первого пункта я должен спросить, почему? Если вы используете JNA, вы все равно теряете кроссплатформенную природу Java и теряете тесную интеграцию с Windows, которую дает вам C #. Нет никаких ограничений, которые бы мешали вам делать это, но если вы все равно привязываетесь к использованию нативного кода, то я бы сказал, что в этом нет особого смысла.
Если, с другой стороны, вы хотите получить кроссплатформенную возможность и хотите портировать, вы можете делать снимки экрана и перемещать мышь, используя класс Java Robot , без родного код требуется. Если вы переписываете на Java, я бы рекомендовал этот подход.