Попробуйте добавить отрицательный z-индекс к элементам, которые должны перекрываться.
Я добавил z-index:-1
к #topFrame
и position:relative
и z-index:-2
к #midFrame
РЕДАКТИРОВАТЬ: Добавление более высокого z-индекса в #header также, кажется, работает, как предложил Джрод в комментарии.