Предполагая, что вы используете GNOME, вы можете проверить поведение клавиш Alt в System
-> Preferences
-> Keyboard
-> вкладка Layout
-> кнопка Option
-> Alt\Win key behavior
исделайте несколько тестов, если есть вариант, удовлетворяющий вас.
Также очень многое зависит от используемой раскладки клавиатуры - вы можете посмотреть xkeycaps - GUI для xmodmap, который управляет отображением клавиш в X - и проверить, является ли Left / Right Alt
назначен на Meta
.