Фаза install
отвечает за установку артефактов в локальные кэширующие репозитории. Это в основном относится к репозиторию Maven, но хорошо известным примером является также OSGi Bundle Repository, поддерживаемый maven-bundle-plugin .
Фаза deploy
отвечает за установку артефактов в опубликованных репозиториях. Обычно это относится к удаленным репозиториям, но вполне может быть локальным репозиторием, доступным внешнему миру.
Как и все фазы Maven, вы можете делать с ними все, что захотите. Вы можете перетасовать фазы плагинов по своему усмотрению, но приведенная выше семантика является обычной, и вам следует придерживаться ее, чтобы соответствовать фазам по умолчанию для целей других плагинов.