Поле поиска определено на вашей главной странице. Обычно default.master, не имеет значения, какой макет вы выберете, элементы, определенные на главной странице, останутся в том же месте. В вашем случае может показаться, что окно поиска не существует на вашем мастере и его нужно будет добавить снова.
Вам необходимо изменить главную страницу вашего сайта и добавить соответствующий элемент управления SP для поиска в соответствующее место на вашей странице. Это обеспечит отображение окна поиска SP в этом месте для каждой страницы.