В Firebug перейдите на вкладку скрипта. На вершине вы можете увидеть:
Inspect | all | <filename>
Нажмите, чтобы выбрать файл, содержащий JavaScript, который вы хотите отслеживать. После того, как вы выбрали свой файл, нажмите на номер строки, чтобы поставить точку в точке (появится большая красная точка).
Вы можете поместить несколько точек останова в разные файлы. Точка останова не исчезнет, если вы обновите страницу (F5).
Этот учебник также должен вам помочь.