Похоже, вы только перенаправляете запросы в несуществующие файлы / каталоги. Статические файлы (CSS, JS, изображения) не будут перенаправлены. Следующий фрагмент полностью исключит PHP и перенаправит ВСЕ запросы на ваш новый домен:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteRule ^(.*)$ http://newdomain.com/$1 [R=301,L]
</IfModule>
Чтобы продолжить обслуживание статических файлов со старого домена, используйте:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ http://newdomain.com/$1 [R=301,L]
</IfModule>
Помимо перенаправлений, убедитесь, что вы обновили все ссылки и ссылки на файлы в новом домене. Вы хотите, чтобы переадресация оставалась онлайн в течение как минимум нескольких недель, чтобы дать им возможность освоиться. Я также рекомендую связаться со всеми, кто может ссылаться на ваш сайт, и попросить их обновить свою ссылку, чтобы отразить домен менять. Инструменты Google для веб-мастеров могут помочь в этом и выявить плохие ссылки.