Я не эксперт по технологии dotnet.
на мой взгляд, сценарии на стороне сервера и сценарии на стороне клиента должны быть отделены друг от друга.
как javascript jquery на стороне клиента, а dotnet на стороне сервера.
сервер обработает запрос и обработает серверный скрипт, затем отправит вывод в браузер пользователя, тогда только функция jquery будет выполняться на стороне пользователя.
в основном для того, что должно быть выполнено в клиентском браузере, я поставлю их все в поле зрения (HTML).
jquery и javascript, которые они, вероятно, должны будут запустить в html с тегом script.
<script type="text/javascript">
jQuery(function(){
//call your function here
});
</script>
Я не уверен, что помогаю или не понимаю вопроса. Прости