Если вы хотите принять двоичные столбцы с NA в них, то нужно сделать следующее:
is.binary <- function(v) {
x <- unique(v)
length(x) - sum(is.na(x)) == 2L
}
my.table <- data.frame(a=11:15, b=c(T,F,T,NA,T), c=c('foo',NA,'bar','bar','foo'))
vapply(my.table, is.binary, logical(1))
# a b c
#FALSE TRUE TRUE
... или если вы принимаете только 0,1, NA:
is.binary <- function(v) {
x <- unique(v)
length(x) - sum(is.na(x)) == 2L && all(x[1:2] == 0:1)
}