Вы должны иметь возможность просто сохранить файл Magento .htaccess по умолчанию в каталоге магазина вместе с другими файлами Magento, а затем исключить что-либо с этим путем из ваших переписываний WordPress.Я не в курсе того, как могут выглядеть файлы WordPress .htaccess, но это просто случай добавления RewriteCond.
Я думаю, что переписывание для Wordpress будет выглядеть примерно так:...
RewriteCond %{REQUEST_URI} !-f
RewriteCond %{REQUEST_URI} !-d
RewriteRule (.*) /index.php?$1 [QSA,L]
Если это так, просто добавьте еще один RewriteCond, который сделает свое дело ...
RewriteCond %{REQUEST_URI !^store/
Размещение файла Wordpress .htaccess может привести к более точным рекомендациям.