Да, я делал это не раз. Создайте свою базу данных в MySQL, локально или на удаленной машине, а затем настройте соединение с базой данных, используя соответствующий API.
Существует пакет для подключения к приложению .NET (просто поищите библиотеку .NET MySQL, и он должен включиться), с Java вы можете использовать Hibernate (или любую другую ORM Framework) и установить диалект на любую версию MySQL. вы используете в файле hibernate.config. Или вы можете просто использовать ODBC / JDBC напрямую. Я уверен, что другие языки имеют свою поддержку.
Любое приложение, если оно хорошо построено, должно поддерживать различные базы данных и не должно влиять на приложение. Переключение между базами данных должно включать, самое большее, изменение пары файлов свойств, а затем проверять специфические для базы данных идиосинкразии.