Не знаю, есть ли какие-либо предварительно встроенные функции в .NET, которые могут достичь этого, но вы наверняка можете написать их самостоятельно.
Вы можете написать метод, который возвращает код для вашего всплывающего окна, основываясь на пользовательской ОС (должен делать простой оператор switch).
РЕДАКТИРОВАТЬ после короткого сна :
Я считаю, что вы должны пересмотреть использование всплывающих окон. Они раздражают даже в настольных браузерах, и многие люди автоматически блокируют их. Вероятно, каждый блог о доступности скажет вам, что вы должны держать мобильную версию своего сайта максимально простой из-за различных проблем совместимости, с которыми вы можете столкнуться.
Вместо этого попробуйте придумать какой-нибудь интересный способ включения сообщений для пользователей другим и привлекательным способом, который никого не будет беспокоить.