Если вы хотите сравнить только СОДЕРЖАНИЕ каждого файла, вы можете прочитать содержимое в байтовый массив следующим образом:
byte[] f1 = Files.readAllBytes(file1);
byte[] f2 = Files.readAllBytes(file2);
, а затем сравнить то, что вы хотите оттуда.
Обратите внимание, что этот вызов метода существует только в Java 7. В более старых версиях Guava и Apache имеют методы, позволяющие выполнять аналогичные действия, но с разными именами и деталями.
Редактировать: ИЛИ лучший вариант (особенно еслисравнение больших файлов) может заключаться в простом сравнении байтов за байтом, а не в загрузке всего файла в память, например:
FileInputStream f1 = new FileInputStream(file1);
DataInputStream d1 = new DataInputStream(f1);
FileInputStream f2 = new FileInputStream(file2);
DataInputStream d2 = new DataInputStream(f2);
byte b1 = d1.readByte();
byte b2 = d2.readByte();
, а затем сравнение оттуда.