AFAIK, afx_msg больше не используется. Другой маркер использовался, чтобы помочь CW выяснить, куда помещать вещи, и некоторые из них могут все еще использоваться (например: расположение карты сообщений в файлах .cpp). Те из них, которые находятся в заголовочных файлах, вероятно, более безопасны для удаления, но я бы не стал их произвольно удалять.
Одна вещь, которую вы могли бы сделать: запустить новый фиктивный проект MFC в вашей текущей версии VS, добавить класс окна и несколько обработчиков, и наблюдать за созданными в настоящее время обозначениями. Все, что не вставлено, вероятно, больше не используется, и все, что еще вставлено, вероятно, все еще используется в некоторой форме).
PS: MS хорошо осведомлена о проблемах с текущим редактированием CW, и мне сказали, что они будут в значительной степени решены в VS2010 ... посмотрим.