Я в конце концов понял это. Место:
import warnings
warnings.filterwarnings('ignore')
внутри ~/.ipython/profile_default/startup/disable-warnings.py
. Я оставляю этот вопрос и отвечаю для протокола на случай, если кто-то еще столкнется с той же проблемой.
Довольно часто бывает полезно один раз увидеть предупреждение. Это может быть установлено:
warnings.filterwarnings(action='once')