Лично я настоятельно рекомендую не использовать как Mercurial, так и Subversion VCS.Помимо удвоения времени администрирования для управления различными VCS, это в основном сводит на нет все преимущества использования Mercurial.
Я уже проходил аналогичный путь - работал локально в Mercurial, хотя официально было только SVN-репо.Что ж, я привык к тому, что история Subversion стала более удобной, чтобы упростить историю изменений, но я не был близок к приятному опыту.
Как только мы исключили Subversion из уравнения, моя жизнь стала значительно счастливее.
Вероятно, с небольшими проектами боль в не столь заметном, но в сосуществовании системы контроля версий просто добавляет ненужные шаги рабочего процесса разработки, которых я бы избегал.