В настоящее время я пытаюсь оптимизировать свою программу на Python и начал работать с Cython, чтобы уменьшить накладные расходы на вызовы функций и, возможно, позже включить оптимизированные функции C-библиотек.
Итак, я столкнулся с первой проблемой:
Я использую композицию в своем коде для создания большего класса. До сих пор один из моих классов Python был преобразован в Cython (что было достаточно сложно). Вот код:
import numpy as np
cimport numpy as np
ctypedef np.float64_t dtype_t
ctypedef np.complex128_t cplxtype_t
ctypedef Py_ssize_t index_t
cdef class bendingForcesClass(object):
cdef dtype_t bendingRigidity
cdef np.ndarray matrixPrefactor
cdef np.ndarray bendingForces
def __init__(self, dtype_t bendingRigidity, np.ndarray[dtype_t, ndim=2] waveNumbersNorm):
self.bendingRigidity = bendingRigidity
self.matrixPrefactor = -self.bendingRigidity * waveNumbersNorm ** 2
cpdef np.ndarray calculate(self, np.ndarray membraneHeight):
cdef np.ndarray bendingForces
bendingForces = self.matrixPrefactor * membraneHeight
return bendingForces
Из моего составного класса Python / Cython я вызываю метод класса calculate, чтобы в моем составном классе был следующий (сокращенный) код:
from bendingForcesClass import bendingForcesClass
cdef class membraneClass(object):
def __init__(self, systemSideLength, lowerCutoffLength, bendingRigidity):
self.bendingForces = bendingForcesClass(bendingRigidity, self.waveNumbers.norm)
def calculateForces(self, heightR):
return self.bendingForces.calculate(heightR)
Я обнаружил, что cpdef делает метод / функцию вызываемой из Python и Cython, что замечательно и работает, пока я не пытаюсь определить тип self.bendingForces заранее - что в соответствии с документация (Раннее связывание для скорости) необходима для устранения накладных расходов на вызов функции. Я пробовал следующее, которое не работает:
from bendingForcesClass import bendingForcesClass
from bendingForcesClass cimport bendingForcesClass
cdef class membraneClass(object):
cdef bendingForcesClass bendingForces
def __init__(self, systemSideLength, lowerCutoffLength, bendingRigidity):
self.bendingForces = bendingForcesClass(bendingRigidity, self.waveNumbers.norm)
def calculateForces(self, heightR):
return self.bendingForces.calculate(heightR)
При этом я получаю эту ошибку при попытке собрать membraneClass.pyx с Cython:
membraneClass.pyx:18:6: 'bendingForcesClass' is not a type identifier
building 'membraneClass' extension
Обратите внимание, что объявления находятся в двух отдельных файлах, что делает это более трудным.
Итак, как мне это сделать? Я был бы очень благодарен, если бы кто-то мог дать мне указатель, поскольку я не могу найти никакой информации об этом, кроме ссылки, приведенной выше.
Спасибо и всего наилучшего!