Я не хочу входить и говорить «ты делаешь это», но поскольку в твоей теме упоминается Subclipse - Subclipse интегрируется с инструментами рефакторинга Eclipse. Так же как и Subversive. Когда вы переименовываете класс, он выполняет для вас 'svn mv'. Вы никогда не должны пытаться повторить эти шаги вручную.
Интересно, по какой-то причине Subclipse не присоединяется к вашему проекту - если он не знает, что ваш проект - это проект Subversion. Тогда, очевидно, это ничего не даст.
Если вы не используете Subclipse / Subversive ... start. :)