В Cygwin make не устанавливается по умолчанию. Вам нужно запустить Setup.Exe, выбрать make в разделе Devel, и позволить программе установки загрузить и установить его.
Кроме того, в зависимости от того, что вы собираете, вам может понадобиться установить дополнительные библиотеки, чтобы ваша сборка работала.