Я перепробовал все известные мне декомпиляторы для Eclipse, и мне еще не удалось увидеть тот, который выровняет исходные номера строк с указанным источником.Плагин JD-Eclipse, на который вы ссылались, наиболее близок с комментариями к исходным номерам строк.Очень жаль, что не портит сгенерированный источник, чтобы выстроить их в линию.Как правило, лучшее, что нужно сделать, - это найти исходный источник для присоединения к Eclipse.В противном случае вам просто нужно искать номер строки в комментариях с JD-Eclipse.