Если все нормально (то есть, никаких ошибок) должен быть флажок под Tools > Options > General, который говорит Always save history (even when not saving .RData). Это должно быть проверено «Да». Затем найдите скрытый файл .RHistory в текущем рабочем каталоге и там ваша история команд.
(Этот комментарий меньше для ОП, чем для гуглера, который наткнулся на этот вопрос.)