Да, вы можете сделать это. Во втором файле пера я бы использовал NSWindowController в качестве владельца файла для пера. Затем в вашем AppDelegate создайте экземпляр NSWindowController и затем загрузите перо. Оттуда вы можете просматривать свойства окна, принадлежащего NSWindowController, или делать с окном все, что хотите.
Вот пример
@interface MyAppDelegate : NSObject
{
NSWindowController *myWindowController;
}
@end
@implementation MyAppDelegate
- (void)applicationWillFinishLaunching:(NSNotification *)aNotification
{
myWindowController = [[NSWindowController alloc] initWithWindowNibName:@"MySecondWindow"];
[[myWindowController window] center];
[[myWindowController window] makeKeyAndOrderFront:self];
}
@end