Разработка Java GUI может быть непростой задачей. Менеджерам компоновки требуется время, чтобы понять, и я полностью с вами согласен - IDE - не лучший способ узнать о дизайне GUI.
Я бы смиренно предложил вам пройти Swing Trail на http://download.oracle.com/javase/tutorial/uiswing/, чтобы сначала понять основные строительные блоки дизайна GUI в Java. Только после того, как вы поймете, как все совмещается, попробуйте использовать IDE. Таким образом, вы будете знать, что вы хотите сделать и как вы хотите создать свой графический интерфейс, делая IDE ценным инструментом.
Как и почти все, все сводится к дизайну - возможности создавать графический интерфейс на бумаге, прежде чем создавать его на компьютере. Вы должны знать, хотите ли вы GridBagLayout или FlowLayout или что-то еще, прежде чем попасть в IDE.
Дизайн графического интерфейса - это все на практике - я потратил много времени на разработку небольших графических интерфейсов, пока не понял, как границы, интервалы, отступы и связки влияют на мой графический интерфейс.
Это все об основах, так что изучите учебник Swing, а затем вернитесь к дизайнерам графического интерфейса в IDE, тогда они станут намного понятнее.
Если вы используете более современный стек Java, такой как Java 8 или новее, стоит также проверить JavaFX - он основан на Swing с использованием более современного подхода. Я бы порекомендовал его всем, кто хочет создать современное настольное Java-приложение.