Это не учитывает изменение размера окна, но, возможно, оно укажет вам правильное направление.
$(document).ready(function() {
var viewportWidth = $(window).width();
var viewportHeight = $(window).height();
var widthThreshold = 1000;
var heightThreshold = 800;
var scriptUrl;
if (viewportWidth > widthThreshold &&
viewportHeight > heightThreshold){
scriptUrl = "plugin1.js";
}
else {
scriptUrl = "plugin2.js";
}
$.getScript(scriptUrl);
};