Я думаю, что ваш лучший вариант - написать собственный скрипт для анализа csv / tsv и импортировать его в mongodb.Я думаю, что это займет менее 10 строк Python.
В качестве альтернативы, если ничего больше не вставляется в коллекцию, и ваши операции импорта находятся достаточно далеко друг от друга, вы могли бы просто сделать что-то подобное между циклами:
db.collecton.update({extraField:null}, {$set:{extraField: ObjectId()}}, false, true)
Это лучше всего подойдет для индекса {extraField: 1}.