Нет проблем с запуском двух разъемов.
Но если вы хотите, чтобы каждое приложение было доступно на разных портах и только там (не на обоих / всех портах), скопируйте служебную часть в conf / server.xml, изменив порты и имена, чтобы не было конфликтов.
Вам нужно будет указать разные каталоги веб-приложений для обоих Сервисов и поместить каждый из ваших веб-приложений в разные.