Поскольку XHTML является допустимым XML, вы можете легко использовать любой инструмент XML для его обработки. Вы можете использовать экземпляр XmlReader для чтения узлов XML, а затем, когда вы обнаружите тег, который не хотите включать в вывод, просто включите его в раздел CDATA в выводе.
Вы также можете использовать здесь XSLT-преобразование, но я не знаю, позволит ли оно вставлять узлы в раздел CDATA.