Вы можете добавить отношения вручную в модель.
Один из способов сделать это - открыть файл edmx с помощью редактора xml и редактировать его напрямую.
Если вы создаете тестбазы данных с несколькими связанными таблицами, а затем сгенерировать модель из этой базы данных, вы можете увидеть, как определяются отношения в файле edmx.