Вы не снимаете, не записываете с WMAudio Encoder DMO, не так ли? Это только кодировщик. Симптом, на который вы ссылаетесь - звучит так, как будто существует проблема с очисткой данных в графе фильтра, когда вы прекращаете кодировать что-то, что не обрабатывает ожидающий остаток данных, и это не обязательно WMAudio Encoder DMO.
Возможно, вы могли бы быстро поменять кодировщик с другим, чтобы увидеть, повезет ли вам больше с этой альтернативной опцией, и это предложит неисправный компонент на первом месте.