Вы можете использовать SqlTool jar HSQLDB для загрузки файлов SQL в Oracle и HSQLDB. SqlTool позволяет загружать файлы SQL в интерактивном режиме или с помощью сценария.
См. Руководство здесь:
http://hsqldb.org/doc/2.0/util-guide/sqltool-chapt.html
Чтобы схема работала и в Oracle, вам, возможно, придется использовать режим совместимости синтаксиса Oracle для HSQLDB. Это обеспечивает некоторую совместимость, но в некоторых случаях вам может потребоваться изменить DDL, чтобы обеспечить совместимость с Oracle и HSQLDB. Поскольку HSQLDB имеет очень богатый набор функций, основанный на стандарте SQL, обычно возможно использовать Oracle и HSQLDB в тандеме.