Для статических файлов вам не нужно ничего делать с правами пользователя. Пользователь nginx будет обслуживать их. То же самое относится и к Apache, кстати, он работает как пользователь "apache" в группе "apache".
именно в PHP вам нужно установить пользовательские данные, и это зависит от того, как вы запускаете PHP с Nginx.
Nginx не запускает PHP напрямую, как это делает Apache, а просто передает запросы PHP другому отдельному процессу. Это может быть Apache в качестве прокси-сервера или FastCGI с использованием FPM и т. Д. Независимо от того, какой процесс запускает PHP, пользователь должен решать проблемы.
Если вы работаете в качестве прокси-сервера для Apache, вы настраиваете Apache так, как указали, и это все. Если FastCGI использует FPM, то это будет PHP FPM. Каждый файл конфигурации пула принимает «пользователя» и «группы». Чтобы это работало для нескольких доменов, вам просто нужно создать один пул fpm для каждого домена, и каждый из них будет слушать другой порт.
Таким образом, домен 1 может находиться на порте 9001, домене 2 или 9002 и т. Д. Каждый из них будет иметь отдельного пользователя и группу по мере необходимости.