Старый вопрос, но на самом деле это просто, вы просто передаете каталоги в sass вместо конкретных .scss, вот так;
sass --watch / location / to / you / scss /: / location / to / your / css
Тогда любые изменения в scss будут сохранены в вашем каталоге css, и он также будет следовать той же структуре вашего каталога scss.