POI распознает количество логических строк на вашем листе при его создании.Таким образом, если вы заполните 100 строк, он создаст 100 записей.Остальные появятся, когда вы откроете XLS в Excel с макетом по умолчанию - но это не записи POI.
Вам нужно будет создать несколько фиктивных строк после вашей последней записи данных, например
for (int i=currentDataRow ;i<65000;i++)
sheet.createRow(i);
Создайте стиль ячейки и установите для него скрытый
CellStyle hiddenstyle = workBook.createCellStyle();
hiddenstyle.setHidden(true);
Установите этот стиль для всех строк от последней строки до конца листа
while (rows.hasNext()){
Row row1 = rows.next ();
row1.setRowStyle(hiddenstyle);
}