фактически, когда флажок изменяется вручную, он не вызывает обработчик.попробуйте что-то вроде этого.
function doIt(obj){
if($(obj).closest("tr").not('#hdr').hasClass("row_selected")){
$(obj).closest("tr").not('#hdr').removeClass("row_selected");
totalqt=totalqt - parseInt($(obj).closest("tr").find("#qt").text(), 10);
}
else {
$(obj).closest("tr").not('#hdr').addClass("row_selected");
totalqt=totalqt + parseInt($(obj).closest("tr").find("#qt").text());
}
}
затем
$('.checkbox').click(function(e) {
e.stopPropagation();
doIt(this);
});
и
$('#check_all').click( function() {
if($(this).prop('checked')){
$('.checkbox').each(function(){
$(this).prop('checked', true);
doIt(this);
alert(totalqt);
});
}else{
$('.checkbox').each(function(){
$(this).prop('checked', false);
doIt(this);
alert(totalqt);
});
}
} );