Распакуйте ваши три архива в три разных каталога.
Инициализация git-репо в четвертом каталоге.
Затем воспользуйтесь опцией --work-tree
, которая позволяет вам выполнить команду git из репозитория git, но с содержимым, расположенным вне указанного git repo:
cd /your/git/repo
git add --work-tree=/path/to/zip1 -A .
git commit -m "Add v1"
git add --work-tree=/path/to/zip2 -A .
git commit -m "Add v1"
git add --work-tree=/path/to/zip3 -A .
git commit -m "Add v3"
Другими словами, вы можете добавлять другое содержимое, не переходя из своего каталога git!