project.pbxproj содержит все метаданные о вашем проекте, которые Xcode использует для его создания; настройки, ссылки на файлы, конфигурация, целевые платформы и т. д. *
т.е. это критически важно.
Там действительно нет хорошего ответа на это. Как правило, команды избегают конфликтов, ограничивая редактирование проекта одним членом команды одновременно.
Команда Xcode приложила немало усилий, чтобы сделать этот файл удобным для слияния. Управляя несколькими крупными проектами через svn, я обнаружил, что слияние происходит автоматически и безболезненно.
Пока их нет. А когда это не так, отмените изменения, объедините изменения вручную (т.е. внесите изменения в конфликтующий проект) и продолжайте.