Я обнаружил, что оригинальный файл сохраняется в формате UTF16. Работа вокруг, которая, кажется, работает, но не может быть лучшим способом сделать это:
InputStream is = new BufferedInputStream(new FileInputStream(fileList[i]));
Reader reader = new InputStreamReader(is, "UTF-16");
Ini ini = new Ini();
ini.load(reader);
System.out.println(ini.keySet());
Вывод теперь: [Производство]