У меня было что-то похожее с web.configs.Вы говорите, что он размещен с использованием IIS, действительно ли файл web.config находится в wwwroot (или его подкаталоге)?
И я предполагаю, что вы используете Windows 7 / Server 2008?
Его UACесли это так.
Вы можете отключить Контроль учетных записей пользователей или запустить любое приложение с правами администратора, даже если вы являетесь администратором.
Или просто скопировать [не двигайтесь!]файлы к вашим «моим документам», делайте с ними что угодно, затем помещайте их обратно.
В любом случае, я бы попытался выполнить обновление с копией файлов в папке «мои документы», чтобы убедиться, что у вас естьвсе привилегии, которые вам нужны.
Удачи.