Вам не нужно добавлять зависимые проекты в ссылки на проекты (по крайней мере, при использовании m2eclipse-plugin), просто добавьте их как зависимости от pom.xml ваших мастеров. У меня не было необходимости трогать путь сборки, так как я начал использовать Maven в Eclipse.
Убедитесь, что вы включили разрешение рабочей области плагина, щелкнув правой кнопкой мыши на корне проекта -> Maven -> Включить разрешение рабочей области. Если указано «Отключить разрешение рабочей области», оно уже включено. Вам также может потребоваться запустить «Обновить конфигурацию проекта» в том же меню.
Таким образом, когда вы запускаете свой мастер-проект из Eclipse, любые изменения, внесенные в другие проекты, будут «видны» мастеру (и вы можете использовать горячую замену во время выполнения даже в других проектах).