~ является сокращением к домашнему каталогу текущего пользователя. Так что, если это не каталог вашего проекта, вы делаете что-то не так. Помимо этого, очистка каталога будет
rm -rf ~/bin/*
И если вы также хотите очистить скрытые файлы
rm -rf ~/bin/.[a-z]*
Убедитесь, что вы не делаете
rm -rf ~/bin/.*
особенно как root, так как он попытается очистить всю вашу систему.