Да, это возможно:
figure(1, 'position',[startx,starty,width,height]);
plot(0:20,sin(0:20));
[startx, starty] - координаты нижнего левого угла вашей фигуры (окна).
Вы также можете использовать опцию разрешения функции печати
print('aa.png','-dpng','-r300');
Полагаю, первое решение может быть лучше ...
Привет