Я столкнулся с той же проблемой, и это очень расстраивает.
Я не знаю, это ошибка или нет, но это происходит и во Flash Builder 4.5.
На данный момент я понял, что вместо <s:Window>
вы можете использовать <mx:Window>
, и тогда он будет работать, как и ожидалось.
С другой стороны, я бы хотел использовать вместо этого искровое окно. Это очень раздражающая крошечная проблема!