У меня нормально работает на Mac OSX.Пожалуйста, оставьте свой код, иллюстрирующий проблему.
$ touch a\&b
$ touch c\ \&b
$ ls
a&b c &b
$ scala
scala> import java.io.File
import java.io.File
scala> new File(".").list()
res0: Array[java.lang.String] = Array(a&b, c &b)