Вы можете указать объект оси в команде plot.Смотрите здесь:
http://www.mathworks.de/help/techdoc/ref/plot.html
Итак, откройте фигуру, вставьте оси, сохраните идентификатор объекта осей, а затем нанесите на него график:
figure
hAx1 = axes;
plot(hAx1, 1, 1, '*r')
hold on
figure
hAx2 = axes;
plot(hAx2, 2, 1, '*r')
hold on
plot(hAx2, 3, 4, '*b')
plot(hAx1, 3, 3, '*b')
В качестве альтернативы, вы можете использовать gca
вместо создания объекта осей самостоятельно (потому что он автоматически создается внутри фактической фигуры, когда он не существует!)
figure
plot(1,1)
hAx1 = gca;
hold on
figure
plot(2,2)
plot(hAx1, 3, 3)
См. Следующую иерархию, представляющую отношения между фигурами и осями
С http://www.mathworks.de/help/techdoc/learn_matlab/f3-15974.html.