Не знаю, что вы имеете в виду, но мы используем несколько распространенное соглашение о разделении внутренних модулей от сторонних модулей.
Пользовательские модули «Самодельные» будут в:
сайты / все / модули / пользовательские
Сторонние модули будут в:
сайты / все / модули / поставщика
Если наличие подкаталогов не соответствует вашим потребностям, я полагаю, вы можете легко скомпоновать каталог / obscure / path / to / module в каталог модулей вашего drupal.