Как исчезают предметы? Как они появляются снова? Другими словами, как должна выглядеть анимация? Вам нужно предоставить больше деталей, чтобы получить наилучшие возможные ответы.
Тем не менее, в общем, это тривиально, используя jQuery:
$('.app').fadeOut(1000, function() {
$('#newApp').fadeIn(1000);
});
Где .app - это элементы, которые нужно исчезнуть, а #newApp - интерфейс приложения, который их заменит.
Образец: http://jsfiddle.net/GregP/fg54C/
Вы также можете анимировать размеры (уменьшая их, а затем делая их невидимыми) ... есть множество вещей, которые вы могли бы сделать.